Akcja powieści toczy się w drugiej połowie XIX wieku. Główny bohater opowiadania – 14-letni Nils Holgersson początkowo mieszka z rodzicami w wiosce w Skanii na południu Szwecji. Chłopiec ten ma zły charakter, nie słucha rodziców i dręczy zwierzęta. Pewnego dnia kiedy chłopiec nie chce pójść z rodzicami do kościoła, ojciec pozwala mu nie iść, lecz nakazuje przeczytać wskazany fragment z Biblii. Nils zostaje sam w domu i znużony perspektywą czytania Pisma Świętego obmyśla, jaki figiel mógłby znowu spłatać. Przeszukując starą skrzynię niespodziewanie spotyka w niej krasnoludka, którego łapie i chce zamknąć w klatce. Krasnoludek zmienia go wówczas w człowieczka własnego wzrostu. Kiedy Nils wychodzi na zewnątrz, zwierzęta które dotychczas były bezbronnymi ofiarami jego „zabaw” – teraz usiłują wziąć odwet na bezbronnym Nilsie. Z opresji ratuje go gąsior Marcin, który zabiera go w podróż przyłączając się do stada dzikich gęsi lecących na północ – do Laponii. W trakcie tej niezwykłej podróży Nils poznaje Szwecję i przeżywa rozmaite przygody, a następnie powraca do domu całkowicie odmieniony i krasnoludek przywraca go do pierwotnych rozmiarów.
