Główna Księgarnia Naukowa im. Bolesława Prusa powstała w 1952 roku. Znajduje się na Krakowskim Przedmieściu w kamienicy Grodzickiego, w której Bolesław Prus umieścił sklep Stanisława Wokulskiego, głównego bohatera „Lalki”.
W ścianę kamienicy wmontowana została tablica pamiątkowa z tą informacją. Na drugim piętrze znajdować się miało również mieszkanie Ignacego Rzeckiego. Od momentu powstania księgarnia prowadzi działalność nieprzerwanie, a od maja 2002 roku również jako księgarnia internetowa.
Księgarnia Państwowego Instytutu Wydawniczego została otwarta w maju 1952 roku jako „Dom Książki”. Swoją obecną nazwę uzyskała 16 maja 1962 roku w 50. rocznicę śmierci Bolesława Prusa. Od początku miała profil akademicki, co wynikało z bezpośredniego sąsiedztwa wydziałów humanistycznych Uniwersytetu Warszawskiego i PAN-u. W 1991 została przekształcona w spółkę cywilną, natomiast od 2002 roku funkcjonuje jako spółka jawna o nazwie: Główna Księgarnia Naukowa imienia B. Prusa G. Stępień, A. Stępień.
Księgarnia współpracuje z trzema tysiącami wydawnictw, oferując szeroki wybór książek naukowych i popularnonaukowych, a także literaturę piękną polską i obcojęzyczną, książki o sztuce, albumy, wydawnictwa multimedialne, a także doskonale zaopatrzony dział czasopism polskich i obcojęzycznych. Wśród jej odbiorców znajduje się wiele bibliotek, instytutów naukowych, ministerstw i ambasad.